公务员中副主任科员与科员的待遇差别为一个级别。 公务员实行国家统一的职务与级别相结合的工资制度。公务员中副主任科员与科员都属于非领导职务。
主任科员享受主任待遇，但无多大权利，归科长领导。副主任科员享受副主任待遇，无权利，归科长领导。
科员，副主任科员，主任科员的区别：
1、在性质上存在着不同：副主任科员和主任科员是副科级和正科级的非领导职务，这两个是有一定级别的科员，而科员是指尚无职务的公务员。
2、在序列上不同：公务员的职级分两个序列，一个是领导职务序列，一个是非领导职务序列。领导职务序列科员、副科、正科、副处等组成，非领导职务由科员、副主任科员、主任科员、副调研员等组成。
3、在实际的权利上不同：主任科员和副主任科员在层次上分别等同于正科职和副科职区别在于前者是非领导 只享受待遇；后者是实际在职位上 拥有实权；科员仅仅是科里不领导的成员，实际所拥有的权利很少;
1.三者同样是科员职务，但级别不同。主任科员最高，副主任科员其次，科员第三。
2.副主任科员以下包括科员和办事员。
3.职务提升由科员向副主任科员再向主任科员，当然较大重大突出贡献的可以越级提升。其工资福利保险待遇逐级有所提升，幅度不大。
副主任科员应具备中专、高中以上文化程度。 副科级是“领导职务”，是所在单位（部门）的领导成员；副主任科员是“非领导职务”，虽然相当于副科级，但它不是单位（部门）的领导成员。 举个例子：一个地级市的某某局，比如教育局，它是处级单位，局长是正处级，局里面的科，比如人事科，科长就是正科级，副科长就是副科级，科里面的普通工作人员，一般就是科员，根据资历或表现，科员可以晋升为副主任科员，它在某些方面可以相当于副科级，但并不是副科长；同理，副主任科员可以晋升为主任科员，“相当于”正科级，但也并不是正科长。科长、副科长是这个科室的“领导”，而主任科员、副主任科员并不是领导。 还有，现在机关公务员改革有一个名词叫作“改非”，就是领导干部到达一定年龄后（还没退休），离开领导岗位，担任“非领导职务”，比如原来的科长（正科级），不再担任科长，保留级别，就变成“主任科员”了。
1、在系统内享受副主任科员工资待遇，下一步能晋升到主任科员职级。
2、综合管理类的非领导职务分为：巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。
3、公务员的级别根据所任职务及其德才表现、工作实绩和资历确定。公务员在同一职务上，可以按照国家规定晋升级别。
公务员在职取得研究生学历后是不能享受副主任科员待遇的，因为有了学历后不能因为学历而享受副主任科员的待遇，副主任科员是行政职务，同学历沒有关系。
副主任科员相当于事业编的助理级职称。行政系统职级与事业单位职称大致对照：办事员----员级职称副科级----助理级职称正科级----中级职称副处级----副高级职称正处级----正高级职称副主任科员是中国公务员职务的一种，属于综合管理类非领导职务序列，级别相当于领导职务的副科长（副乡长、副镇长）。提升主任科员，需要任副科级职务三年以上。公务员职务分为领导职务和非领导职务。领导职务层次分为：国家级正职、国家级副职、省部级正职、省部级副职、厅局级正职、厅局级副职、县处级正职、县处级副职、乡科级正职、乡科级副职。
非领导职务分为：巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。
副主任科员是公务员和参公人员中，比科员高一等级，工作年限较长，在无编制岗位，无法任命副科级实职（如县级部门中的副部长、副局长）而设置的虚职。
按照职级并行的政策，在科员岗位上工作若干年，就可以晋升为副主任科员；在副主任科员岗位工作若干年，又可以晋升为正主任科员。副主任科员的工资待遇接近副科级。
任职三年就可以转，这只是规定而已，并不是说你三年以后必是主任科员。副主任科员升主任科员，需在副主任科员岗位任职满3年以上，连续两年考核评定为优秀等次的，任职满现年就可以晋升。这是必要条件，却不是必须条件。
